Siły wojskowe Zionu rozpaczliwie walczą z inwazją Strażników i armią Maszyn, która drąży tunel wprost do ostatniej twierdzy ludzi. Agent Smith, który z każdą sekundą rośnie w siłę, grozi zniszczeniem ich imperium, realnego świata i Matrixa. Z pomocą Niobe, Neo i Trinity decydują się na podróż, jakiej nie odbył wcześniej żaden człowiek – wychodzą na zdradziecką powierzchnię, wędrują poprzez spaloną Ziemię do serca niebezpiecznego Miasta Maszyn. W tej ogromnej metropolii, Neo staje twarzą w twarz z największą potęgą świata maszyn – Deus Ex Machina. Udaje mu się wynegocjować układ. Wojna zakończy się tej samej nocy, a przeznaczenie Neo i los dwóch cywilizacji zależy od wyniku konfrontacji ze Smithem.