W 1992 r. do Japonii przybywają wysłannicy z XXIII wieku, którzy zapowiadają, że Godzilla stanie się przyczyną katastrofy nuklearnej w wieku XXI i aby temu zapobiec należy pozbyć się potwora. Wspólnie z przybyszami garstka śmiałków cofa się w przeszłość do roku 1944, gdzie dowiadują się, iż Godzilla jest jedynym ocalałym dinozaurem, który zmutował pod wpływem testów z bronią nuklearną przeprowadzanych w pobliżu Japonii. Wysłannicy pozbywają się potwora, ale kiedy wracają z powrotem do roku 1992 okazuje się, że padli ofiarą podstępu. Przeciwnicy Japonii chcieli się pozbyć Godzilli bowiem dzięki monstrum kraj ten miał w przyszłości stać się ekonomicznym imperium. Co więcej światu zaczyna zagrażać teraz Król Ghidorah a mogąca go powstrzymać Godzilla nie istnieje...