Lalki to trzy opowieści. Tematem każdej z nich jest miłość. Bohaterowie głównej to Matsumoto i Sawako. Byli szczęśliwą parą, do czasu, gdy apodyktyczni rodzice zmusili Matsumoto do wyboru, który miałby zapewnić ich synowi bezpieczną przyszłość. Ale ten wybór sprawi, że zmieni się wszystko. Wędruje wraz z byłą narzeczoną pogrążoną w letargu do Japonii, aby odnaleźć sens i siebie. Obok dwa inne wątki: starego, wciąż potężnego, lecz samotnego bossa yakuzy oraz historia nastoletniej gwiazdy muzyki pop. Trzy opowieści składają się na traktat o wiecznej miłości, wyborach, stracie i porzuceniu. Inspiracją filmu była jedna ze sztandarowych form japońskiej sztuki: teatr lalkowy Bunraku, oparty na uzyskaniu idealnej synchronizacji trzech elementów: kukiełek, narracji i muzyki.