Indiana i Mutt wyruszają do najbardziej odległych zakątków Peru krainy starożytnych grobowców, zapomnianych odkrywców i złotego miasta szybko jednak zdają sobie sprawę z tego, że nie są sami. Na trop Kryształowej Czaszki wpadli także sowieccy agenci pod wodzą zimnej jak lód i porażająco pięknej Iriny Spalko (Cate Blanchett). Sowieci wierzą, że odkrywając tajemnice czaszki będą mogli zapanować nad światem. Profesor Jones i jego młody towarzysz muszą szybko znaleźć sposób na pokrzyżowanie szyków bezlitosnym Sowietom i powstrzymanie ich przed zagarnięciem obdarzonej nadprzyrodzoną mocą Kryształowej Czaszki.