Angielski przyrodnik Charles Darwin (Paul Bettany) jest o krok od sformułowania teorii, która może wywrócić do góry nogami wszystko, co od wieków było światopoglądową podstawą zachodniej cywilizacji. Dobry Bóg, który stworzył ziemię, rośliny, zwierzęta oraz, na swój obraz i podobieństwo, ludzi… nie istnieje. To, czego o powstaniu naszego świata naucza Biblia, Darwin zastąpił obrazoburczą teorią o ewolucji gatunków. Uczony jest przygotowany na to, że będzie musiał stawić czoła rzeszom oburzonych krytyków, jednak ryzykuje też o wiele więcej. Jego ukochana żona Emma (Jennifer Connelly) jest bardzo religijną kobietą. Oboje powoli dochodzą do siebie po śmierci starszej córki. Teraz ich udane, pełne miłości małżeństwo może zostać zniszczone przez najbardziej rewolucyjną teorię w historii nauki...