Po uwięzieniu Godzilli w wulkanie naukowcy rozpoczęli badania nad pochodzeniem potwora i przyczyną jego mutacji. Jeden z nich postanowił wykorzystać owe badania i połączył kod genetyczny Godzilli, z kodem kwiatu i własnej córki tworząc w ten sposób Biollante, zmutowana roślinę o gigantycznych rozmiarach, która zaczyna zagrażać światu. Co gorsza ze swojego wulkanicznego więzienia zostaje uwolniona również Godzilla, która wbrew oczekiwaniom ludzi nie atakuje ponownie miast, ale wszczyna walkę z Biollante.