Mija dokładnie pięć lat od momentu kiedy Ben Tennyson ściągnął z ręki Omnitrixa. Pewnego dnia odkrywa jednak, że jego dziadek zaginął w bardzo tajemniczych okolicznościach. Ben, żeby uratować dziadka musi znowu założyć Omnitrixa. Do Bena dołącza Gwen, a także nie dający o sobie zapomnieć jego największy wróg- Kevin. Okazuje się, że przez ostatnie pięć lat kosmici szykowali inwazję. Teraz Ben musi nie tylko odnaleźć dziadka ale także zmierzyć się z kosmitami. W walce ma mu pomóc zmieniony Omnitrix.