Oparta na faktach, "Colonia" opowiada historię Leny (Emma Watson) i Daniela (Daniel Brühl) - pary młodych uwikłanych w wojskowy przewrót w Chile w 1973 roku. Daniel zostaje uprowadzony przez tajną policję Pinocheta, po długich poszukiwaniach Lena lokalizuje go w zastrzeżonej placówce na południu kraju, zwanym Colonia Dignidad. Na zewnątrz Colonia wygląda na misję charytatywną, prowadzoną przez świeckiego pastora Paula Shafera (Michael Nyqvist), w rzeczywistości jest miejscem odosobnienia, z którego jeszcze nikt nie zdołał uciec. Lena postanawia przyłączyć się do grona mrocznych współwyznawców tego kultu, by odnaleźć Daniela. Daniel zostaje uprowadzony przez tajną policję Pinocheta, po długich poszukiwaniach Lena lokalizuje go w zastrzeżonej placówce na południu kraju, zwanym Colonia Dignidad. Na zewnątrz Colonia wygląda na misję charytatywną, prowadzoną przez świeckiego pastora Paula Shafera (Michael Nyqvist), w rzeczywistości jest miejscem odosobnienia, z którego jeszcze nikt nie zdołał uciec. Lena postanawia przyłączyć się do grona mrocznych współwyznawców tego kultu, by odnaleźć Daniela.