Apocalypse to pierwszy i najpotężniejszy mutant z uniwersum X-Men, którego od zarania cywilizacji czczono niczym boga. Apocalypse przejął moce wielu innych mutantów, co czyni go nieśmiertelnym i niepokonanym. Gdy budzi się do życia po wielu tysiącach lat, postanawia podbić świat i gromadzi wokół siebie grupę potężnych mutantów, wśród których jest rozczarowany i pozbawiony złudzeń Magneto (Michael Fassbender). Wspólnie postanawiają oczyścić rodzaj ludzki i zaprowadzić nowy porządek na świecie, którym odtąd niepodzielnie władać będzie Apocalypse. Mimo iż los Ziemi wydaje się przesądzony, Raven (Jennifer Lawrence) i Profesor X (James McAvoy) postanawiają wkroczyć do akcji i z pomocą grupy młodych X-Menów powstrzymać wroga i ocalić nasz świat przed totalnym zniszczeniem.