Gdy Scooby-Doo i jego przyjaciele próbują schwytać zjawę-wirusa zostają przypadkowo przeniesieni do wnętrza gry komputerowej. W trakcie pogoni za wirusem pokonują dziesięć niewyobrażalnie trudnych poziomów gry i przemieszczają się w czasie od prehistorii do epoki lotów kosmicznych.