W odcinku 17 i 18, Padmé i Jar Jar Binks próbują odnaleźć bio laboratorium Separatystów w nadziei, że uda im się powstrzymać rozprzestrzenianie śmiertelnego Wirusa Błękitnego Cienia. Kiedy zostają schwytani, a wirus uwolniony, Anakin i Obi-Wan mają 48 godzin na znalezienie antidotum na tajemniczej, nieznanej planecie. W odcinkach 19-21, Anakin musi poradzić sobie z brutalnymi konsekwencjami nieposłuszeństwa Ahsoka, podczas gdy na planecie Ryloth Obi-Wan próbuje sabotować potężną broń Separatystów, chronioną przez żywą tarczę utworzoną z niewinnych cywilów. Aby uratować Ryloth, Mace Windu musi przekonać lidera Twi'leku, Chama Syndulla, aby przyłączył się do walki o ocalenie stolicy zanim zniszczą ją droidy. W finałowym odcinku Republika staje w obliczu nowej, potężnej groźby, kiedy łowca nagród Cad Bane bierze jako zakładników osoby znajdujące się w budynku Senatu. Tylko Anakin będzie mógł uratować Senatorów i powstrzymać Bane'a od wypełnienia jego misji.