W początkach czasu, na cudownej wyspie-mieście Metru Nui, wszyscy wierzyli, że już nie narodzi się żadna nowa legenda. Byli w błędzie... Spokój Matoran zostaje zmącony przez nadciągającą ciemność. Toa Lhikan - protektor Metru Nui zostaje porwany przez tajemniczych Mrocznych Myśliwych. W ostatniej chwili udaje mu się przekazać kamienie Toa sześciu zaufanym Matoranom - po jednym z każdej części miasta - by zanieśli je do Wielkiej Świątyni. Tam odkrywają prawdziwy dar Lhikana - dzięki potędze kamieni, Matoranie przeobrażają się w sześciu nowych Toa Metru! Vakama, Nokama, Onewa, Nuju, Whenua i Matau muszą teraz wyzwolić wyspę i jej mieszkańców spod zgubnego wpływu cienia...