Shredder -super łotr -Łączy siły z dwójką swoich zmutowanych popleczników,Bebopem iRockstedym, by wprowadzić w życie diaboliczny plan przejęcia władzy nad światem. Bracia muszą współdziałać z April April O"Neil i z nowym sojusznikiem Caseyem Jonesem, skrywającym oblicze pod hokejową maską, by pokonać wrogów i stawić czoła największemu zagrożeniu z dotychczasowych - słynnemu, złowieszczemu Krangowi.