Po prologu, ukazującym młodego Indianę Jonesa (River Phoenix) w jednej z pierwszych przygód, przenosimy się w czasy, kiedy dorosły Indy (Harrison Ford) wyrusza na niebezpieczne poszukiwanie swego nieznośnego ojca, profesora Henry’ego Jonesa (Sean Connery). Hitlerowcy szukają Świętego Graala, więc porywają profesora, który jest niekwestionowanym autorytetem w tej dziedzinie.